Должен ли он вернуть часть выплаченных ему отпускных за неполный год?

Должен. Вернее, можете удержать.

ТК РФ.

" Статья 137. Ограничение удержаний из заработной платы

Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:

для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155) или простое (часть третья статьи 157);

при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, указанным в пунктах 1, 2, подпункте "а" пункта 3 и пункте 4 статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса".