Как решить конфликт с работодателем по поводу невыплаченной зарплаты и премий

Я в период с 27 мая 2011 года по 01 июля 2013 года работала в должности директора бизнес-инкубатора по трудовому договору в Университете. Между мной и Университетом была достигнута договоренность о зарплате netto (на руки) 100 000 (сто тысяч рублей 00 копеек), но при заключении трудового договора мне пояснили, что в договоре будет прописан оклад (так называемое Т 1) в 60 000 рублей, а остальные 40 000 рублей (так называемые Т 2) будут начисляться как премиальные. В период моей работы на протяжении всего срока моя средняя зарплата составляла 100 000 (сто тысяч рублей 00 копеек), что доказывается распечатками с официальных банковских карт с наименованием «зачисление заработной платы», с постоянного корреспондентского счета. То есть премиальная часть являлась частью заработной платы на протяжении 2 лет, все выплаты были официальны. Никаких планов не выставлялось, никаких приказов на подпись не давалось. Начиная с апреля 2013 года зарплата не была перечислена в полном объеме. Заработная плата выплачивалась два раза в месяц. 25 числа - аванс за текущий месяц, 15 числа следующего месяца - зарплата за предыдущий месяц. В мае я ушла в отпуск. Соответсвенно, сумма в 67 тысяч мне была выплачена раньше - 08 мая. До 26 мая я находилась в Греции, соответсвенно увидеть иные выплаты до этого момента не могла. Вернувшись, я обратилась в службу персонала с вопросом о невыплатах. Мне пояснили, что в связи с трудным финансовым положением моя должность сокращается. Чтобы я уволилась по собственному желанию (чтобы не платить положенные пособия по сокращению. Моя должность так и осталась незанятой, вакансий о наборе на эту должность нет). Я отказалась, требуя всех положенных выплат. Тогда мне предложили соглашение о расторжении трудового договора с пунктами 1. выплата заработной платы за отработанное время 2. компенсации 110 тысяч рублей. Соглашение было заключено 06 июня 2013 с определением, что датой увольнения будет считаться 01 июля 2013 года. В этот день произведут все выплаты. Так как хотела решить мирным путем, надеялась, что данное соглашение уладит все конфликты. Но на день увольнения ничего не перечислили. Зачисление компенсации было произведено 08 июля 2013 года в размере 93359,65, недоплачены 16640,35 (от 110 тысяч). Остальные выплаты произведены не были. 17 сентября я подала в суд. При предварительной беседе ответчик начал ссылаться на просрочку трех месяцев (от апреля). Хотя уволилась я 01 июля 2013 года, и это дата отчета срока давности, так как невыплата зп длящееся правонарушение. А также ссылаться, что премии были разовые - хотя выплачивались на протяжении двух лет каждый месяц, официально, на какрточку, как составная часть заработной платы. Приказы я никогда о премировании или депримировании не подписывала. Подскажите, как быть в такой ситуации?