Спор о заработной плате в НИИ - почему ученым предлагают выплатить меньше, чем было запланировано?

Работаем в НИИ. В июне 2015 г. институт заключил договор с коммерческой организацией на проведение научно-исследовательской работы сроком на 6 мес. В смете на зарплату была заложена сумма, составляющая около 60% от суммы всего договора, а в дополнительном соглашении определено, что работы по договору закрываются актами ежемесячно с целью выплаты заработной платы по факту, а не по окончании всего цикла работ. После получения учеными первой заработной платы в соответствии со сметой руководство института на собрании объявило, что в соответствии с приказом директора НИИ № 114 от 31.12.2014 заработная плата составляет 23% от суммы без НДС, указанной в договоре, и будет выплачена после успешного окончания работ. Так как весь договор вели ученые, работы были продолжены, чтобы не подвести компанию, которая заказала НИР. Работы по договору закончены. Заработная плата не выплачена. При этом руководство планирует выплатить лишь разницу между уже выплаченной зарплатой и той, которая установлена приказом по институту. Отчет по НИР еще не сдан заказчику, последний платеж по договору будет перечислен институту после сдачи отчета. Вопросы: может ли коллектив ученых, проводящих работы, получить зарплату в размере суммы, указанной в смете договора, а не в соответствии с приказом директора? Если да, то какой порядок действий для получения искомой заработной платы?