Военный произвел проверку подразделения и вынес приказ о наказании, но стал жертвой обвинений в некомпетентности

Приказ о наказании должен быть законным и обоснованным.

При нарушении одного из этих требований, он может быть обжалован вашими подчиненными и отменен вышестоящим командиром.

Судя по тому, что вы не смогли внятно изложить свой вопрос, вряд ли исходящие от вас документы могут быть всегда безупречными по форме или содержанию.

Скажем, слово "некомпетентность" не содержит буквы "и", а в вашем тексте- "некомпИтентности".

Зачем писать "произведена проверка", если можно проще- "проверено" (одно из подразделений).

Или неправильное использование деепричастного оборота: не "указаны все недостатки ссылаясь на руководящие документы", а "указаны все недостатки со ссылками на руководящие документы".

В русском языке вы точно-неуч. Военное дело, можно ожидать, не будет исключением.

Как вам быть?

Трудно вам ответить, если нельзя понять, что вы хотели спросить.

Возможные варианты:

1.Вы обнаружили ошибки в форме превышения своих полномочий при назначении взысканий, в связи с чем вас интересует, вправе ли вы своим решением отменить ранее изданный приказ или внести в него изменения.

2.Подчиненные обжаловали ваш приказ вышестоящему командиру (начальнику) и вас интересует, каковы полномочия этого командира и какое вас может ожидать взыскание.

Пока что можно посоветовать вам точнее задавать вопросы.