Затем этими долями в "дочках" оплатило свое участие в другом ОАО, где всего два акционера.

Данная схема реорганизацией не является. При реорганизации будь то слияние, присоединение, выделение, разделение, преобразование, все или часть прав и обязанностей переходит к новому или существующему (присоединение) юридическому лицу.Т.е. при любой форме реорганизации возникает правоприемство. При этом ФЗ "ОБ АО" ст.15-20 и ГК ст.57-60 устанавливает четкие правила при реорганизации, такие как принятие соответствующих решений уполномоченными на то лицами (в данном случае собранием акционеров) утверждение договора слияния или присоединения, разделительного баланса передаточного акта и т.д.

Внесение в уставный капитал вновь создаваемого АО доли в ООО (или акций АО) не является реорганизацией, т.к. у вновь создаваемого лица не возникает правоприемства в отношении ОАО, да и ООО тоже, данная процедура передачи доли в уставный капитал вновь создаваемого общества является вполне обычным делом. На практике таких случаев очень много.

Единственное, на что надо обратить внимание, так это на то былоли принято решение уполномоченными на то лицами АО и ООО (общим собр.акционер., собранием участников или Совет директоров (см.компетенцию в Уставе АО и ООО) о принятии соответствующих решений, а также не было ли здесь сделок с заинтересованностью и крупных сделок, в особенности при создании ООО.