У меня проблема, пока директор был в отпуске я написала заявление об уходе, отработала две недели как положено.

Странная ситуация! Вообще-то, согласно ст. 80 ТК РФ, работник ИМЕЕТ ПРАВО расторгнуть трудовой договор, предупредив об этом работодателя письменно за 2 недели. При этом, если заявление работника об увольнении по собственному желанию обусловлено невозможностью продолжения им работы, работодатель вообще ОБЯЗАН расторгнуть договор в конкретный срок, указанный в заявлении. По истечении 2-недельного срока работник вправе прекратить работу, при этом в последний день работодатель обязан выдать ему расчет, трудовую книжку и иные документы. Замечу - Трудовой кодекс РФ никак не связывает возможность увольнения по собственному желанию с наличием на работе директора или главбуха. Достаточно одного заявления работника. Что делать? Прекращать работу (т.н. самозащита трудовых прав). А если уволят за прогул - оспорить увольнение в районном суде, обязать ответчика изменить формулировку причины увольнения в трудовой книжке с "уволен за прогул" на "уволен по собственному желанию". И причиненный моральный вред взыскать, предварительно заполучив в районной поликлиннике справки об ухудшении Вашего здоровья вследствие увольнения. Да, и не забудьте отксерокопировать Ваше заявление об уходе - пригодится в суде.