Превращение жилого дома в нежилой - право на собственность, разрешение на строительство и отказы от архитектуры

Решили перевести жилой дом в нежилой. Подали нужные документы (право собственности на дом и земельный участок, копия паспорта, поэтажный план дома и заявление на перевод) в архитектуру. Получали отказ, в котором сказано, что по Гражданскому кодексу мы самовольно построили дом. Хотя земельный участок в собственности. Было получено разрешение на строительство. В градостроительном плане и разрешение на строительство указано в основных видах (ВРИ): кафе, рестораны, магазины площадью до 1000 кв, и т.д. К дому были подключены все коммуникации и газ, и он сдан в эксплуатацию. Получено право собственности на жилой дом (уже почти как 1 год назад). Сам участок чуть более 3 соток, для этого мы при строительстве дома мы прошли публичные слушания и было получено разрешение на отклонение и застройка дома почти на всей территории участка (1 метр от границ зем. участка сзади, справа и слева от соседних участков) и 1,5 м. спереди. Единственно, что по данным разрешенным параметра при отделки здания спереди, расстояние уменьшилось на 0,50 см, и стало 1 метр. Но при этом как указывалось выше право собственности уже получено, как 1 год назад. Законно ли это? Как действовать в данной ситуации?