Нотариус направил в суд с иском о признании права собственности умершего на квартиру, но мне не понятно кто ответчик.

Уважаемая Екатерина, если я правильно Вас поняла, то нотариус отказывается вам выдать свидетельство о праве на наследство, ввиду того, что не зарегистрировано право собственности. И в суд иск направил не нотариус, а вы сами. Признать право собственности за умершим при всем желании нельзя, так как правоспособность гражданина прекращается с его смертью. Можно подать иск о включении имущества в наследственную массу. Ответчиком будет Учреждение юстиции по государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним по г. Москве, а нотариус третьим лицом. Иск подается по месту нахождения имущества.