Как привести приговор по второму суду в соответствие с изменениями приговора по первому суду за наркотики?

У моего сына очень запутанная история, как всегда, надеюсь на Вашу помощь. Он был осуждён 20.09.2012 г. по ст.228 – два эпизода по ч.1 и один по ч.2 (дезоморфин с указанием сухого остатка-0,057 г.). По ч-ям 1 присудили 4 месяца и 4 месяца, а по ч.2 - 3 года. Путём частичного сложения – 3 года 3 мес. в ИК общего режима. В связи с Постановлением № 1002 сразу с января 2013 г. стал ходатайствовать об освобождении. Пока жалобы ходили по инстанциям, прошло 6 месяцев, и состоялся второй суд по статья 162 часть 2 по делу, которое сын совершил ещё до первого суда. Суд вынес приговор - 3 года общего режима, и, в соответствии с ч.5 ст. 69 присоединил частично неотбытое наказание по первому суду, и окончательно назначил-4 года 3 мес. в ИК общего режима с 22.03.2013 г., причём, пол года уже отбытых в ИК не учлись, получилось в общей сложности 4 года 9 мес. В декабре 2013 г. по суду за наркотики президиумом краевого суда часть 2 ст.228 была переквалифицирована на ч.1, а две первые части оставили без изменения и окончательное наказание назначили - 2 года 8 мес. в колонии поселения. Подскажите, пожалуйста, в какую инстанцию писать, чтобы приговор по второму суду привели в соответствие с внесёнными изменениями по первому суду за наркотики, то ли подать ходатайство в суд по месту отбывания наказания, то ли кассационную жалобу в краевой суд и на что ссылаться? Спасибо.