Обязан ли я уплатить налог при продаже недвижимости, если строительство еще не закончено и сумма продажи превышает значение в ДДУ?

Вы имеете право заявить налоговый вычет в размере расходов на покупку прав требования.

Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

1) имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале организации, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством);

мущественный налоговый вычет предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 1 000 000 рублей, а также в размере доходов, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества (за исключением ценных бумаг), находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 250 000 рублей;

При продаже доли (ее части) в уставном капитале организации, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством) налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этих имущественных прав;

Таким образом, из буквального толкования этих норма следует, что вычет в 250000 руб. при продаже имущественных прав не предоставляется. Налог уплачивается с базы 100 000 руб.

Налоговые агенты тут не причем, т.к. продажа осуществляется физическому лицу.

Возможны и споры с налоговой.