Правомерно ли с моей стороны просить оплаты за отпуск и за работу?

Здравствуйте. Сложилась такая ситуация: работаю в гос.учреждении и получаю высшее образование, с 26 сентября 2013г. по 21 января 2014г. - сдача гос.экзменов и защита ВКР. Мой непосредственный начальник предложил мне оплатить ученический отпуск + оплата заработной платы за то, что я буду работать в отпуске, но периодически отлучаться. С моей стороны была предоставлена справка-вызов и личное заявление, с его - распоряжение на отпуск. В свою очередь бухгалтер предложила мне оплачивать или отпускные и вторая з.п. (но без оплаты проезда на работу(в месяц набирается приличная сумма) или меня проводят по табелю, как работающую с оплатой транспортных расходов и вторая з.п.. Я выбрала второй вариант Но в обоих случаях оплату второй з.п. мне обещали в конце 2013г., так как бюджет и все прочее.. Доверяя своему начальнику я заключила с ним только устный договор. В конце 2013г. мне в выплате 2ой з.п. отказали, после чего я ушла в полноценный ученический отпуск в период с 01 января по 21 января 2014г. На сегодняшний день я прошу расчет за ученический отпуск в соответствии с распоряжением (за весь период), но в этом случае начальник грозится вычесть из этой суммы оплату работы за период с 26 сентября по 31 декабря 2013г. и транспортные расходы. Правомерно ли с моей стороны просить оплаты за отпуск и за работу?