О возможности взыскания пени за просрочку после оплаты основного долга - стоит ли оставлять исковое заявление и как составить ходатайство об отзыве иска?

А почему не взыскать пени? Просрочка имела место, доказана - почему отказываться? Это Вам решать, конечно же, но закон не устанавливает обязанности отказываться.

Также отмечу, что в случаях ,когда истец отказывается от иска в связи с оплатой ответчика - пошлина ложится на ответчика.

Налоговый кодекс.

Статья 333.40. Основания и порядок возврата или зачета государственной пошлины

1. Уплаченная государственная пошлина подлежит возврату частично или полностью в случае:

1) уплаты государственной пошлины в большем размере, чем это предусмотрено настоящей главой;

2) возвращения заявления, жалобы или иного обращения или отказа в их принятии судами либо отказа в совершении нотариальных действий уполномоченными на то органами и (или) должностными лицами. Если государственная пошлина не возвращена, ее сумма засчитывается в счет уплаты государственной пошлины при повторном предъявлении иска, если не истек трехгодичный срок со дня вынесения предыдущего решения и к повторному иску приложен первоначальный документ об уплате государственной пошлины;

3) прекращения производства по делу или оставления заявления без рассмотрения судом общей юрисдикции или арбитражным судом.

При заключении мирового соглашения до принятия решения арбитражным судом возврату истцу подлежит 50 процентов суммы уплаченной им государственной пошлины. Данное положение не применяется в случае, если мировое соглашение заключено в процессе исполнения судебного акта арбитражного суда.

Не подлежит возврату уплаченная государственная пошлина при добровольном удовлетворении ответчиком требований истца после обращения последнего в арбитражный суд и вынесения определения о принятии искового заявления к производству, а также при утверждении мирового соглашения судом общей юрисдикции.

Но при этом если вы откажитесь от иска без объяснения причин и в материалах дела не будет информации о погашении долга ответчиком, возврат госпошлины возможен.

Таким образом, в вашей ситуации выбирать вам, как поступить. Закон предусматривает разные варианты.