Куда обратиться при задержке выплаты заработной платы после увольнения в магазине с головным офисом в другом городе?

В прокуратуру Москвы.

Органы прокуратуры осуществляют надзор за соблюдением прав и свобод человека и гражданина федеральными министерствами, государственными комитетами, службами и иными федеральными органами исполнительной власти, представительными (законодательными) и исполнительными органами субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, органами военного управления, органами контроля, их должностными лицами, а также органами управления и руководителями коммерческих и некоммерческих организаций.

Согласно ст.22 Федерального закона «О прокуратуре Российской Федерации» прокурор при осуществлении возложенных на него функций вправе: проверять исполнение законов в связи с поступившей в органы прокуратуры информацией о фактах нарушения закона; требовать от руководителей и других должностных лиц указанных органов представления необходимых документов, материалов, статистических и иных сведений; выделения специалистов для выяснения возникших вопросов; проведения проверок по поступившим в органы прокуратуры материалам и обращениям, ревизий деятельности подконтрольных или подведомственных им организаций; вызывать должностных лиц и граждан для объяснений по поводу нарушений законов.

Прокурор по основаниям, установленным законом, возбуждает производство об административном правонарушении, требует привлечения лиц, нарушивших закон, к иной установленной законом ответственности, предостерегает о недопустимости нарушения закона, вносит представление об устранении нарушений закона; опротестовывает противоречащие закону правовые акты, Прокурор вправе обращаться в суд с иском о защите прав и законных интересов граждан или неопределенного круга лиц.

Обращайтесь составлю Вам жалобу.

Если магазин как филиал работает в москве, то можете и в москве подать жалобу в прокуратуру москвы, а также в Государственную инспекцию по труду г.москвы. Если же филиала или представительства нет - то тогда - по месту нахождения самого общества.