Имеют ли право запрещать сидеть на подоконниках?

Конечно не имеет.

Статья 106. Понятие времени отдыха

Время отдыха - время, в течение которого работник свободен от исполнения трудовых обязанностей и которое он может использовать по своему усмотрению.

Статья 107. Виды времени отдыха

Видами времени отдыха являются: перерывы в течение рабочего дня (смены); ежедневный (междусменный) отдых; выходные дни (еженедельный непрерывный отдых); нерабочие праздничные дни; отпуска.

Напишите на имя руководителя заявление с просьбой установить Вам точное время для перерыва для отдыха и питания согласно ст.108 ТК РФ в течение смены, чтобы Вы могли покинуть рабочее место,в либо включить это время в оплату труда, так как у Вас нет возможности использовать это время по своему усмотрению:

В течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, который в рабочее время не включается. Время предоставления перерыва и его конкретная продолжительность устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка или по соглашению между работником и работодателем.

На работах, где по условиям производства (работы) предоставление перерыва для отдыха и питания невозможно, работодатель обязан обеспечить работнику возможность отдыха и приема пищи в рабочее время. Перечень таких работ, а также места для отдыха и приема пищи устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.