Как избежать проблем с просроченной регистрацией при получении постоянного проживания в Литве для гражданина РФ?

Я гражданка РФ,проживаю в г.Калининграде (Калининградская обл), мой муж гражданин Литвы. Мы состоим в законном браке с 1998 года, у нас двое детей (14 и 8 лет). Муж проживает на территории РФ по визе разъединенная семья, соответственно раз в год посещает Литовскую республику, для получения новой визы. Последняя виза, которую он получил по стечению обстоятельств была туристическая (годовая), регистрация по визе была на три месяца (до 13 сентября 2013). В этот период я находилась на длительном лечении, по-этому муж не смог вовремя выехать за пределы РФ (как это требуется по закону) и по настоящее время выехать так и не получилось, по нескольким причинам, основная это то,что его не пропустят обратно, а потребуют находиться в Литве 90 суток... А,для нас это просто невозможно (лечение, дети, школа и т.д) На данный момент, мы имеем визу (сроком до 13 июня 2014 г), и планируем всей семьёй в начале июня выезд в Литву, для сбора документов на постоянное проживания нашего папы. Очень волнует и пугает нас - это просроченная регистрация. Не давно узнала, что за это могут депортировать, для нас это ужас. Как нам грамотно и правильно, поступить в сложившейся ситуации? Куда обратиться, чтобы избежать самых плохих последствий? Заранее, спасибо!