Можно ли как то решить этот вопрос в пользу налогоплательщика.

Пунктом 6 статьи 169 Кодекса установлено, что счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными должностными лицами, уполномоченными на то в соответствии с приказом по организации. При этом данная статья Кодекса не представляет возможности использования факсимильных подписей руководителя и главного бухгалтера организации.

В соответствии с пунктом 1 статьи 169 Кодекса счет-фактура является документом, служащим основанием для принятия предъявленных сумм налога на добавленную стоимость к вычету или возмещению в порядке, предусмотренном главой 21 Кодекса.

Согласно пункту 2 статьи 169 Кодекса счета-фактуры, составленные и выставленные с нарушением порядка, установленного пунктами 5 и 6 указанной статьи, не могут являться основанием для принятия предъявленных покупателю продавцом сумм налога к вычету или возмещению.

В пунктах 5 и 6 статьи 169 Кодекса перечислены все обязательные реквизиты, которые должен сдержать правильно оформленный счет-фактура.

Так, согласно пункту 6 счет-фактура подписывается руководителем и главным бухгалтером организации либо иными лицами, уполномоченными на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.

Таким образом, требования, предусмотренные пунктом 6 статьи 169 Кодекса, считаются выполненными, если при выставлении счета-фактуры он будет подписан руководителем и главным бухгалтером организации - налогоплательщика налога на добавленную стоимость либо иным лицом, уполномоченным на то приказом (иным распорядительным документом) по организации или доверенностью от имени организации.

Вместе с тем следует отметить, что в случае, если счет-фактура подписан уполномоченным лицом с указанием непосредственно его должности, то такой счет-фактуру не следует рассматривать как составленный с нарушением требований пункта 6 статьи 169 Кодекса.

(Письмо ФНС России от 20.05.2005 N 03-1-03/838/8.)

И еще: Оформляют и выставляют счета-фактуры продавцы товара, поэтому ошибки в заполнении этих документов не могут свидетельствовать о Вашей недобросовестности налогоплательщика.

По моему мнению, ссылка Инспекции на то, что подписи в счетах-фактурах, выставленных поставщиком, не соответствуют образцам подписей уполномоченного лица в учредительных документах, не может быть принята во внимание, поскольку Инспекция не ссылается на допустимые доказательства, подтверждающие данное обстоятельство. Думаю, что налоговым органом в предусмотренном статьей 95 НК РФ порядке не проводилась почерковедческая экспертиза подписей на счетах-фактурах поставщика.

В соответствии со статьей 65 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации налоговый орган, обосновывая свою позицию, должен доказать фиктивность совершенных Обществом в рассматриваемый период сделок, а также недостоверность содержащихся в представленных первичных документах (в частности, счетах-фактурах) сведений.

И на всякий случай, если есть возможность, можно попытаться, взять документ от поставщика, уполномочивающий лицо на подписания указанного счет фактуры.