Налоговая подаёт иск после отмены судебного приказа - восстановление сроков и взыскание транспортного налога через 2 года

Ходатайство может быть как и отдельным документом, так и в самом иске.

Считаю, что причин для восстановления пропущенного срока в 2 (!!!) года - нет. Вам нужно написать письменное возражение и на ходатайство о восстановлении прцессуального срока и на сам иск.

Постановление Конституционного Суда Российской Федерации от 21 января 2010 г. N 1-П "По делу о проверке конституционности положений части 4 статьи 170, пункта 1 статьи 311 и части 1 статьи 312 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации в связи с жалобами закрытого акционерного общества "Производственное объединение "Берег", открытых акционерных обществ "Карболит", "Завод "Микропровод" и "Научно-производственное предприятие "Респиратор" Вестник Конституционного Суда РФ. 2010. N 2.

Особое значение в Постановлении уделено вопросу соблюдения процессуальных сроков при обращении налоговых органов в суд. Такие изменения можно отнести к положительным, поскольку могут стать дополнительным инструментом защиты интересов налогоплательщиков.

Так, пункт 60 предписывает арбитражным судам проверять, не истекли ли установленные сроки для обращения налоговых органов в суд с заявлениями о взыскании налогов, пеней и штрафов.

При этом не могут, как правило, рассматриваться в качестве уважительных причин пропуска указанных сроков необходимость согласования с вышестоящим органом (иным лицом) вопроса о подаче налоговым органом в суд соответствующего заявления, нахождение представителя налогового органа в командировке (отпуске), кадровые перестановки, смена руководителя налогового органа (его нахождение в длительной командировке, отпуске), а также иные внутренние организационные причины, повлекшие несвоевременную подачу заявления.

Какие причины пропуска исковой давности налоговыми органами следует считать уважительными, законодательство о налогах и сборах не конкретизирует. Установление таких обстоятельств находится в компетенции суда при рассмотрении конкретного дела. Помимо названных выше, судебная практика не считает заслуживающими внимания такие причины пропуска срока исковой давности, как большая загруженность налогового органа или необходимость подготовки полного комплекта документов.

Следует справедливо отметить, что, привнося такие изменения, ВАС РФ продолжает вектор защиты интересов налогоплательщиков. В противном случае в силу специфики публично-правовых отношений изначально неравное положение налогоплательщиков могло бы привести к нивелированию срока исковой давности для налоговых органов.

При восстановлении пропущенного срока налоговые органы, впрочем, как и налогоплательщики, должны не только назвать причину такого пропуска, но и доказать ее уважительный характер.