За это время приобрели квартиру (купля-продажы), но она оформляется не на меня т.к. я прописан в другом городе.

Уважаемый Александр!Право на жилую площадь возникает в результате совместного проживания и ведения общего хозяйства с собственнницей квартиры(ст.292 ГК РФ), это право можно доказывать свидетельскими показаниями в судебном порядке, но при удовлетворении иска это даёт только право проживания в квартире, но не право собственности. Регистрация по месту жительства в другом городе не препятствует оформлению договора купли-продажи в долях на двоих собственников соразмерно вложенным в покупку денежным средствам.Фактическая супруга может продать Вам долю в квартире,если она не согласна, то доказать Ваше право собственности на долю в квартире можно в судебном порядке только при наличии письменного договора между Вами о создании общей собственности на квартиру с указанием вложенных в покупку каждым денежных средств, в противном случае Вы сможете взыскать через суд вложенные денежные средства как неосновательное обогащение( ст.1102 ГК РФ) и только в том случае, если факт передачи денег и их сумма подтверждены письменными доказательствами (расписка фактической супруги или письменное признание ею суммы,полученной от Вас).Право общей совместной собственности на квартиру в силу брачных отношений поровну возникает только при условии покупки квартиры в период зарегистрированных в органе ЗАГСа брачных отношений(ст.34, 38, 39 СК РФ).