Я работала у частного предпринимателя февраля 2006 года, трудовой договор мне оформили только в мае месяце.

Первое, что хочу сказать, это по поводу статьи. В порядке увольнения работников до 6 октября 2006 года возможности прописать где-либо статью увольнения у работодателя нет. Если только на самом договоре он не сделает такую надпись от руки. В органах местного самоуправления приказы , на основании которых регистрируется расторжения договора, часто отдают обратно, не хранят у себя. Так что не переживайте особо по этому поводу. Эта информация скорее всего затеряется в бумагах наших славных органов самоуправления.

А по поводу незаконного увольнения пишите жалобу в трудовую инспекцию вашего района или города, посылайте один экземпляр в инспекцию, другой - работодателю. По опыту знаю, что инспекция всегда почти на стороне работника.

По поводу того, что договор оформлен только в мае, если в течении 3 дней с момента заключения устного договора работник продолжает работать, то договор считается заключенным с момента начала работы, помогут свидетели подтвердить это.

ПО поводу недостачи : посмотрите что следует из текста трудового договора , есть ли там статья о материальной ответственности. А потом надо еще доказать, что недостача произошла по Вашей вине.

Вообщем, опишите вашу ситуацию в жалобе в трудовую инспекцию.