Есть ли какие-то дисциплинарные, законодательные или другие взыскания по отношению к таким сотрудникам?

Если догворы с работниками оформлены по всем правилам, т.е. зарегистрированы в органах местного самоуправления и ПФ, ФСС, то данный договор будет служить им в дальнейшем для подтвеждения трудового стажа,поэтому оригинал для работника все-таки важный документ, объясните это своим работникам. Это первое.

Второе. С 6 октября текущего года все работодатели, в т.ч. и предприниматели, обязаны будут заполнять и вести на своих работников ТРУДОВЫЕ КНИЖКИ, но договоры не отменяются, правда техническая сторона их оформления еще не озвучена законодателями. Но тем не менее, не ждите указаний, а при приеме на работу обязательно оформляйте договор, в котором пропишите порядок увольнения с отработкой 2-х недель, обязательно сделайте ссылку на статью ТК.

При приеме на работу, при увольнении обязательно оформляйте приказы по предприятию, ведь ваша организация точно такая же как и любая другая, только маленькая. И на своем предприятиии Вы, как руководитель, да еще и владелец можете издавать приказы, распоряжения, объявлять выговоры, в т.ч. строгие, с предупреждением, и увольнять , если у вас есть на то законные основания. Почитайте ТК РФ ст.77, 78... В приказах на увольнение обязательна подпись работника.

Ваша задача как работодателдя вовремя информировать работников о своих действиях, чтобы потом к Вам не было претензий.

Из трудового кодекса уясните для себя порядок как можно бороться с нерадивыми работниками.

И еще, я на практике поступаю следующим образом, все оригиналы договоров храню в фирме, не выдаю на руки работнику, чтобы при расторжении не было проблем с поиском работника. Ну а с введением трудовых книжек это будет , надеюсь, проще. Изучите порядок заполнения и ведения трудовых книжек на предприятии.