Что делать, если при проверке отсутствуют разрешающие документы на мою деятельность?

Если осуществление Вами предпринимательской деятельности без регистрации или без лицензии (если в Вашем случае такая лицензия обязательна) причинит крупный или особо крупный ущерб (крупным ущербом признается ущерб в сумме, превышающей один миллион пятьсот тысяч рублей, особо крупным - шесть миллионов рублей), то к Вам могут применить санкцию, предусмотренную статьей 171 Уголовного кодекса РФ.

Довод о том, что "документы уже делаются или переделываются?" могут послужить основанием для признания деяния малозначительным (ст. 14 УК РФ), но надеяться на это не следует.

Также, поскольку из вопроса неясно, какая именно деятельность имеется ввиду, думается, к Вам могут быть применимы положения статьи 8 Федерального закона от 26.12.2008 N 294-ФЗ (ред. от 12.03.2014) "О защите прав юридических лиц и индивидуальных предпринимателей при осуществлении государственного контроля (надзора) и муниципального контроля", а также отдельные положения Правил представления уведомлений о начале осуществления отдельных видов предпринимательской деятельности и учета указанных уведомлений (утв. Постановлением Правительства РФ от 16.07.2009 N 584

в ред. от 12.08.2013 "Об уведомительном порядке начала осуществления отдельных видов предпринимательской деятельности".

Для более тщательной оценки рисков следует обратиться за консультацией к юристам, это позволит избежать серьезной ответственности.