Организация оплатила половину задолженности в арбитражном суде - что делать дальше?

Вы вправе (но не обязаны) написать ходатайство об изменении размера исковых требований в порядке ст. 49 АПК РФ.

Статья 49. Изменение основания или предмета иска, изменение размера исковых требований, отказ от иска, признание иска, мировое соглашение

1. Истец вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде первой инстанции до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу, изменить основание или предмет иска, увеличить или уменьшить размер исковых требований.

2. Истец вправе до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу в арбитражном суде первой инстанции или в арбитражном суде апелляционной инстанции, отказаться от иска полностью или частично.

3. Ответчик вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде любой инстанции признать иск полностью или частично.

4. Стороны могут закончить дело мировым соглашением в порядке, предусмотренном главой 15 настоящего Кодекса.

5. Арбитражный суд не принимает отказ истца от иска, уменьшение им размера исковых требований, признание ответчиком иска, не утверждает мировое соглашение сторон, если это противоречит закону или нарушает права других лиц. В этих случаях суд рассматривает дело по существу.