Как предотвратить потерю денег при продаже бизнеса за 500 тыс.

Вы с покупателем установили рыночную стоимость бизнеса и заключили договор, что покупатель готов купить его за 500 тыс. руб., таким образом у него нет оснований требовать возврата денежных средств.

необходимо было заклюить договор купли-продажи и прописать все условия в нем

Договор о намерениях не влечет никаких правовых последствий, это всего лишь договор о сотрудничестве, не регулируемый ГК РФ, и покупатель имеет право потребовать деньги обратно.

Продать бизнес можно следующими способами: купля продажа бизнеса как имущественного комплекса, переуступка всех прав по договору цессии (передаются активы без долгов), купля продажа доли

иных способов нет

Не стоит переживать,уставной капитал и реальная стоимость бизнеса ,это совершенно разные понятия. Если возникнут разногласия насчет цены,всегда можно заказать независимую оценку БИЗНЕСА,а не уставного капитала.Уставной капитал имеет опосредственное значение к реальной стоимости,как правило выступает тем минимумом,за который возможно зарегисрировать ООО,более он "смысловой" нагрузки не несет.

В Вашей ситуации следует выполнить условия договора о намерении, в нем Вы наверняка прописали порядок заключения основного договора и его срок. Необходимо в срок направить проект основного договора покупателю или вручив под роспись или направив ценнымиписьмом по его адресу.

Нужно читать условия договора, который Вы не заключили. А если просто продали долю- переживаете не зря. У него есть основания- стоимость доли не соответствует полученной Вами сумме. Действительно, должен быть договор, однако, какой именно, что Вы передавали - в данный момент сказать не представляется возможным.