Так куда же теперь восстанавливать этого работника?

В эту организацию. Из контекста ст. 75 ТК РФ видно, что смена сосбтвенника имущества организации (это как раз относится к учреждениям) не означает прекращения трудовых правоотношений такого юридического лица с работниками. То есть отношения могут быть прерваны, но только по волеизъявлению работника. Согласуется это и с основными нормами гражданского законодательства, связанного с правоспособностью юридических лиц. Такое юридическое лицо продолжает действовать.

ТК РФ.

"Статья 75. Трудовые отношения при смене собственника имущества организации, изменении подведомственности организации, ее реорганизации

При смене собственника имущества организации новый собственник не позднее трех месяцев со дня возникновения у него права собственности имеет право расторгнуть трудовой договор с руководителем организации, его заместителями и главным бухгалтером.

Смена собственника имущества организации не является основанием для расторжения трудовых договоров с другими работниками организации.

В случае отказа работника от продолжения работы в связи со сменой собственника имущества организации трудовой договор прекращается в соответствии с пунктом 6 статьи 77 настоящего Кодекса.

При смене собственника имущества организации сокращение численности или штата работников допускается только после государственной регистрации перехода права собственности.

Изменение подведомственности (подчиненности) организации или ее реорганизация (слияние, присоединение, разделение, выделение, преобразование) не может являться основанием для расторжения трудовых договоров с работниками организации.

При отказе работника от продолжения работы в случаях, предусмотренных частью пятой настоящей статьи, трудовой договор прекращается в соответствии с пунктом 6 статьи 77 настоящего Кодекса".