Подскажите, пожалуйста, правомочен ли такой отказ?

Именно собственник жилого помещения - муниципалитет(?) вправе разрешить или отказать Вам проживать и зарегистрироваться, даже при условии что квартира не являлась бы аварийной. Согласия всех там проживающих в данном случае недостаточно.

И это не отказ как таковой, а логичное требование получить разрешение у собственника, ведь т.н. паспортные столы только принимают и выдают готовые документы о регистрации. А в Вашем случае, скорее всего, необходим договор поднайма, заключаемый с собственником.