Как оформить переход с Генерального директора по совместительству в Генеральные директоры на основное место работы в двух ООО и исправить ошибки в трудовой книжке?

Так легко зачеркивать в трудовой нельзя.

В зависимости от ошибок делать надо в соответствии с Постановление Минтруда РФ от 10 октября 2003 г. N 69 "Об утверждении Инструкции по заполнению трудовых книжек"

1.2. В разделах "Сведения о работе" и "Сведения о награждении" трудовой книжки зачеркивание ранее внесенных неточных, неправильных или иных признанных недействительными записей не допускается.

Например, при необходимости изменения конкретной записи о приеме на работу в разделе "Сведения о работе" после соответствующей последней в данном разделе записи указывается последующий порядковый номер, дата внесения записи, в графе 3 делается запись: "Запись за номером таким-то недействительна". После этого производится правильная запись: "Принят по такой-то профессии (должности)" и в графе 4 повторяется дата и номер приказа (распоряжения) или иного решения работодателя, запись из которого неправильно внесена в трудовую книжку, либо указывается дата и номер приказа (распоряжения) или иного решения работодателя, на основании которого вносится правильная запись.

В таком же порядке признается недействительной запись об увольнении, переводе на другую постоянную работу в случае признания незаконности увольнения или перевода самим работодателем, контрольно-надзорным органом, органом по рассмотрению трудовых споров или судом и восстановления на прежней работе или изменения формулировки причины увольнения. Например: "Запись за номером таким-то недействительна, восстановлен на прежней работе". При изменении формулировки причины увольнения делается запись: "Запись за номером таким-то недействительна, уволен (указывается новая формулировка)". В графе 4 делается ссылка на приказ (распоряжение) или иное решение работодателя о восстановлении на работе или изменении формулировки причины увольнения.

При наличии в трудовой книжке записи об увольнении или переводе на другую постоянную работу, впоследствии признанной недействительной, по письменному заявлению работника выдается дубликат трудовой книжки без внесения в него записи, признанной недействительной. При этом в правом верхнем углу первой страницы дубликата трудовой книжки делается надпись: "Дубликат". На первой странице (титульном листе) прежней трудовой книжки пишется: "Взамен выдан дубликат" с указанием его серии и номера.

и еще кусочек про совместительство

По желанию работника запись в трудовую книжку сведений о работе по совместительству производится по месту основной работы на основании документа, подтверждающего работу по совместительству. В графе 1 раздела "Сведения о работе" трудовой книжки ставится порядковый номер записи, в графе 2 указывается дата приема на работу в качестве совместителя, в графе 3 делается запись о принятии или назначении в качестве совместителя в структурное подразделение организации с указанием его конкретного наименования (если условие о работе в конкретном структурном подразделении включено в трудовой договор в качестве существенного), наименования должности, специальности, профессии с указанием квалификации, в графе 4 указывается наименование документа, на основании которого внесена запись, со ссылкой на его дату и номер. В таком же порядке производится запись об увольнении с этой работы.

Про остальные документы. уставы не менять, приказы - менять - в одном с совместительства на оснвоаную и в другом ООО наоборот, трудовые договоры - заключить дополнительные соглашения с изменением условий по основной работе.