Вопросы о регистрации и возможности оставаться в РФ для гражданина Узбекистана

Я гражданка РФ, живу в Подмосковье. Мой муж гражданин Узбекистана, 20 августа прилетел в Москву оттуда, 22 августа пошли делать ему регистрацию в ФМС, там сказали, что он находился на территории РФ без регистрации с 2012 по 2014 год, теперь ему надо выехать в течении нескольких дней обратно в Узбекистан на 90 дней, по истечении 90 дней, когда он вернется сможет ли он сделать (не возникнут ли проблемы) регистрацию и начать делать РВП? А если в течении 90 дней после его прибытия в РФ мы не успеем подать документы на РВП, что нам сделать, чтобы он больше не выезжал на 90 дней в Узбекистан?