Как пожаловаться на руководство их работы налоговой и сможет ли трудовой договор ограничить разглашение подобных сведений?

Этот пункт даже если и есть то является незаконным. Пишите, Ваше право. В соответствии с ч. 1 ст. 2 ФЗ "О порядке рассмотрения обращений граждан в Российской Федерации" от 02 мая 2006 года N 59-ФЗ граждане имеют право обращаться лично, а также направлять индивидуальные и коллективные обращения в государственные органы, органы местного самоуправления и должностным лицам

Согласно п. 3 ст. 5 вышеуказанного Закона при рассмотрении обращения государственным органом, органом местного самоуправления или должностным лицом гражданин имеет право получать письменный ответ по существу поставленных в обращении вопросов, за исключением случаев, указанных в статье 11 настоящего Федерального закона, уведомление о переадресации письменного обращения в государственный орган, орган местного самоуправления или должностному лицу, в компетенцию которых входит решение поставленных в обращении вопросов.

В силу ст. 9 Федерального закона от 02.05.2005 года N 59-ФЗ "О порядке рассмотрения обращений граждан РФ" обращение, поступившее в государственный орган, орган местного самоуправления или должностному лицу в соответствии с их компетенцией, подлежит обязательному рассмотрению.

В соответствии с ч. 1 ст. 12 Закона письменное обращение, поступившее в государственный орган, орган местного самоуправления или должностному лицу в соответствии с их компетенцией, рассматривается в течение 30 дней со дня регистрации письменного обращения.

В силу ст. 15 Закона лица, виновные в нарушении настоящего Федерального закона, несут ответственность, предусмотренную законодательством Российской Федерации.