Прав ли нотариус и что мне делать в данной ситуации?

Уважаемая Марина! Мне представляется, что в Вашей ситуации нотариус слишком уж все усложняет. Во-первых, то, что написано в завещании насчет состава наследственного имущества, большого значения не имеет (в завещании указано может быть любое имущество, в т.ч. и то, которое не принадлежало и не принадлежит завещателю; главное - кому он свое имущество завещает, а состав наследственного имущества будет уточняться после открытия наследства). Во-вторых, нельзя согласиться с тем, что Ваш отец после смерти матери не вступил в наследство, т.к. вступить в наследство можно, вообще говоря, двояким образом - либо оформить у нотариуса заявление о принятии наследства (этим путем пошли Вы), либо фактически вступив во владение наследственным имуществом (если речь идет о квартире, то фактически вступить во владение можно просто продолжая проживать в ней; видимо, Ваш отец так и поступил). В-третьих, если Ваша матушка оформила завещание в Вашу пользу, то факт вступления или невступления Вашего отца в наследство не имеет юридического значения, поскольку при наличии завещания наследуют наследники по завещанию (а Ваш отец к числу таковых не относился). Если Вы приняли наследство после обоих родителей, то Ваш брат наследственных прав на квартиру не имеет, и никакие доли между Вами и им делиться не должны. Попробуйте обжаловать в суде отказ нотариуса в выдаче Вам свидетельства о праве на наследство.