Каким образом предприятие может выдать сотруднику займ для покупки сотрудником квартиры?

По договору займа, подписываемому двумя лицами - гражданином и юридическим лицов. Сам процесс выдачи - любым доступным способом, например перечислением на счет работника, или, по его поручению, на счет указанного работником лица.

Вполне законны. Просто следует иметь в виду возможные налоговые последствия, в том числе в отношении работника.

НК РФ.

"Статья 212. Особенности определения налоговой базы при получении доходов в виде материальной выгоды

1. Доходом налогоплательщика, полученным в виде материальной выгоды, являются:

1) материальная выгода, полученная от экономии на процентах за пользование налогоплательщиком заемными (кредитными) средствами, полученными от организаций или индивидуальных предпринимателей, за исключением материальной выгоды, полученной в связи с операциями с банковскими картами в течение беспроцентного периода, установленного в договоре о предоставлении банковской карты, и материальной выгоды, полученной от экономии на процентах за пользование заемными (кредитными) средствами на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, в случае, если налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 статьи 220 настоящего Кодекса;

2. При получении налогоплательщиком дохода в виде материальной выгоды, указанной в подпункте 1 пункта 1 настоящей статьи, налоговая база определяется как:

1) превышение суммы процентов за пользование заемными (кредитными) средствами, выраженными в рублях, исчисленной исходя из трех четвертых действующей ставки рефинансирования, установленной Центральным банком Российской Федерации на дату фактического получения налогоплательщиком дохода, над суммой процентов, исчисленной исходя из условий договора;

2) превышение суммы процентов за пользование заемными (кредитными) средствами, выраженными в иностранной валюте, исчисленной исходя из 9 процентов годовых, над суммой процентов, исчисленной исходя из условий договора.

Определение налоговой базы при получении дохода в виде материальной выгоды, полученной от экономии на процентах при получении заемных (кредитных) средств, исчисление, удержание и перечисление налога осуществляются налоговым агентом в порядке, установленном настоящим Кодексом".