Как прописать новорожденного ребенка в квартиру, если прописан отец, а не родители?

Отказ должен быть аргументирован органом, ответственным за это - ФМС РФ. Вы не представили ссылок на законодательство, увы.

Между тем новый Регламент уточнил порядок регистрации несовершеннолетних, но сможете ли Вы своими правами (и ребенка) воспользоваться - зависит от Вас.

Не забывайте что есть и обязанности состоять на регистрационном учете по месту пребывания / жительства.

Вот основания:

Приказ Федеральной миграционной службы от 20 сентября 2007 г. N 208 "Об утверждении Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации"

78. В случае прибытия несовершеннолетних граждан, не достигших 14-летнего возраста, вместе с родителями (усыновителями, опекунами) к месту жительства в жилые помещения государственного, муниципального и специализированного жилищного фонда, регистрация детям осуществляется независимо от согласия наймодателя, нанимателя и граждан, постоянно проживающих в данном жилом помещении.

Сведения о них вносятся в карточку регистрации по форме N 9 (приложение N 9 к Регламенту) одного из родителей, в поквартирные карточки по форме N 10 (приложение N 10 к Регламенту) или домовые (поквартирные) книги по форме N 11 (приложение N 11 к Регламенту). На них составляется и направляется в адресно-справочное подразделение территориального органа отдельный адресный листок прибытия по форме N 2 (приложение N 2 к Регламенту).

79. Новорожденные регистрируются по месту жительства родителей или одного из родителей в порядке, установленном пунктом 78 Регламента.

80. Регистрация по месту пребывания и по месту жительства несовершеннолетних граждан к родителям (усыновителям, опекунам, попечителям), проживающим в жилых помещениях, принадлежащих иным гражданам на праве собственности, осуществляется независимо от их согласия.

ОДНАКО:

81. Регистрация несовершеннолетних граждан по месту пребывания и по месту жительства отдельно(!) от родителей (усыновителей, опекунов, попечителей) осуществляется по представлению документов, указанных в пунктах 16 и 17 Регламента.