Если собственник хочет продать/обменять квартиру, в которой прописан другой человек (не собственник), какие-то ограничения есть?

Все зависит от того, на какой правовой основе приобретена в собственность квартира. Если "не собственник" участвовал в приватизации, но отказался от доли, то его снять с регистрации будет крайне затруднительно. Есть ли нет законных оснований для сохранения за ним права пользования, то по суду снимите его с регистрационного учета.