В мировой суд обратиться я думаю не можем, ведь истец будет ненадлежащий или нет?

К сожалению с данного работника взыскать денежныее средства не получится, даже в качестве неосновательно обогащения, ст. 1109 ГК РФ -

Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения:

1) имущество, переданное во исполнение обязательства до наступления срока исполнения, если обязательством не предусмотрено иное;

2) имущество, переданное во исполнение обязательства по истечении срока исковой давности;

3) заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки;

4) денежные суммы и иное имущество, предоставленные во исполнение несуществующего обязательства, если приобретатель докажет, что лицо, требующее возврата имущества, знало об отсутствии обязательства либо предоставило имущество в целях благотворительности.

милиция тоже не поможет, т.к. умысла на хищение у человека не было и он ничего не совершал. Счетная ошибка также отсутствует.

Работодатель может просто провести расследование причин возникновения материльного ущерба, установить, какой именно бухгалтер виноват в нанесении ущерба и взыскать (или удержать) сумму переплаты с данного бухгалтера, в пределах среднего заработка.