Как переоформить долю земельного участка в аренде при отсутствии одного из собственников?

Смотрите условия договора.

Статья 22 ЗК РФ. Аренда земельных участков

5. Арендатор земельного участка, за исключением резидентов особых экономических зон - арендаторов земельных участков, вправе передать свои права и обязанности по договору аренды земельного участка третьему лицу, в том числе отдать арендные права земельного участка в залог и внести их в качестве вклада в уставный капитал хозяйственного товарищества или общества либо паевого взноса в производственный кооператив в пределах срока договора аренды земельного участка без согласия собственника земельного участка при условии его уведомления, если договором аренды земельного участка не предусмотрено иное. В указанных случаях ответственным по договору аренды земельного участка перед арендодателем становится новый арендатор земельного участка, за исключением передачи арендных прав в залог. При этом заключение нового договора аренды земельного участка не требуется.

Согласно ст451 ГК РФ для изменения договора необходимо составить соглашение При этом требуется конечно согласие второго арендатора Ведь договор это соглашение сторон

Нужно отнести договор дарения 2/3 участка в Росреестр для регистрации прав согласно ст. 8.1 ГК РФ: "Права на имущество, подлежащие государственной регистрации, возникают, изменяются и прекращаются с момента внесения соответствующей записи в государственный реестр, если иное не установлено законом".