Но есть такие должности, подлежащие сокращению, которые работник совмещает наряду со своей основной должностью.

Если работник у Вас работал именно как совместитель, т.е. был отдельный трудовой договор на совместительство, то такой договор расторгается на общих основаниях в связи сокращением, как с любым иным работником, также и все предусмотренные выплаты.

Если вы работника оформляли не как совместителя. а как совмещение профессий, то расторгнуть договор Вы можете без соблюдения порядка при сокращении, т.е. с уведомлением за три дня, ст. 60.2 ТК РФ -

С письменного согласия работника ему может быть поручено выполнение в течение установленной продолжительности рабочего дня (смены) наряду с работой, определенной трудовым договором, дополнительной работы по другой или такой же профессии (должности) за дополнительную оплату (статья 151 настоящего Кодекса).

Поручаемая работнику дополнительная работа по другой профессии (должности) может осуществляться путем совмещения профессий (должностей). Поручаемая работнику дополнительная работа по такой же профессии (должности) может осуществляться путем расширения зон обслуживания, увеличения объема работ. Для исполнения обязанностей временно отсутствующего работника без освобождения от работы, определенной трудовым договором, работнику может быть поручена дополнительная работа как по другой, так и по такой же профессии (должности).

Срок, в течение которого работник будет выполнять дополнительную работу, ее содержание и объем устанавливаются работодателем с письменного согласия работника.

Работник имеет право досрочно отказаться от выполнения дополнительной работы, а работодатель - досрочно отменить поручение о ее выполнении, предупредив об этом другую сторону в письменной форме не позднее чем за три рабочих дня.

если у Вас ввели новое штатное расписание задним числом и (или) вы не укладываетесь в сроки предупреждения, то работодатель все равно обязан выплачивать работнику заработную плату и обеспечивать работой, не смотря на то, что такой должности в штатном расписании уже нет.