Меня интересует - может ли помешать наличие доли в приватизированной квартире получению ГЖС?

Вами предоставлено мало информации для точного ответа на вопрос Неизвестно основание увольнения со службы (выслуга, организационно-штатные мероприятия или иное). Возможно ЗАТО утрачивает свой статус. В общем приближении правом на участие в подпрограмме "Выполнение государственных обязательств по обеспечению жильем категорий граждан, установленных федеральным законодательством" федеральной целевой программы "Жилище" на 2002 - 2010 годы имеют следующие категории граждан РФ:

военнослужащие (за исключением участников накопительно-ипотечной системы жилищного обеспечения военнослужащих), сотрудники органов внутренних дел, подлежащие увольнению с военной службы (службы), и приравненные к ним лица, признанные в установленном порядке нуждающимися в улучшении жилищных условий (получении жилых помещений):

военнослужащие, подлежащие увольнению с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, или по состоянию здоровья, или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность военной службы которых в календарном исчислении составляет 10 лет и более;

военнослужащие, подлежащие увольнению с военной службы по истечении срока контракта или по семейным обстоятельствам, указанным в подпункте "в" пункта 3 статьи 51 Федерального закона "О воинской обязанности и военной службе", и граждане, уволенные с военной службы по этим основаниям, общая продолжительность военной службы которых в календарном исчислении составляет 20 лет и более, и состоящие в списках очередников на получение жилых помещений (улучшение жилищных условий) в федеральном органе исполнительной власти;

граждане, уволенные с военной службы (службы) по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе (службе), или по состоянию здоровья, или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность военной службы (службы) которых в календарном исчислении составляет 10 лет и более, и состоящие после увольнения в списках очередников на получение жилых помещений (улучшение жилищных условий) в федеральном органе исполнительной власти;

граждане, подлежащие переселению из закрытых военных городков, а также поселков учреждений с особыми условиями хозяйственной деятельности (далее - поселки). Перечень поселков, переселение граждан из которых осуществляется с использованием социальной выплаты, удостоверяемой сертификатом, утверждается Правительством Российской Федерации по представлению Министерства юстиции Российской Федерации;

члены семей военнослужащих, проходивших военную службу по контракту и погибших (умерших) в период прохождения военной службы, признанные в установленном порядке нуждающимися в улучшении жилищных условий (получении жилых помещений). При этом вдовы (вдовцы) указанных военнослужащих имеют право на получение социальной выплаты, удостоверяемой сертификатом, до повторного вступления в брак;

граждане, уволенные с военной службы (службы), и приравненные к ним лица, вставшие в органах местного самоуправления на учет в качестве нуждающихся в улучшении жилищных условий (получении жилых помещений) до 1 января 2005 г.:

граждане, уволенные с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, или по состоянию здоровья, или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность службы которых в календарном исчислении составляет 10 лет и более;

члены семей граждан, проходивших военную службу по контракту и погибших (умерших) после увольнения с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, или по состоянию здоровья, или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность военной службы которых в календарном исчислении составляла 10 лет и более. При этом вдовы (вдовцы) указанных граждан имеют право на получение социальной выплаты, удостоверяемой сертификатом, до повторного вступления в брак;

граждане, проживающие в военных городках, утративших статус закрытых военных городков после 1998 года, и вставшие на учет в качестве нуждающихся в улучшении жилищных условий в органах местного самоуправления в избранных для постоянного проживания субъектах Российской Федерации до исключения закрытого военного городка из перечня закрытых военных городков.

Проживание определенных категорий граждан в закрытых военных городках является самостоятельным основанием к выдаче им государственных жилищных сертификатов, которая производится независимо от основания увольнения со службы и времени выслуги военной службы, связана со спецификой данных населенных пунктов и необходимостью отселения из них лиц, утративших связь с военным ведомством.

Расчет размера социальной выплаты (кроме граждан, выезжающих из районов Крайнего Севера) производится исходя из норматива общей площади жилого помещения, установленной для семей разной численности, и норматива стоимости 1 кв. м общей площади жилья по Российской Федерации. Таким образом, имеющееся в собственности жильё учитывается при расчёте. Особенности порядка предоставления и расчета социальных выплат для граждан - участников подпрограммы и членов их семей, владеющих жилыми помещениями на праве собственности или проживающих в них по договору социального найма и признанных нуждающимися в улучшении жилищных условий, граждан, проживающих в военных городках, утративших статус закрытых военных городков после 1998 года, и вставших в очередь на улучшение жилищных условий в субъектах Российской Федерации, избранных для постоянного проживания, до исключения закрытого военного городка из перечня закрытых военных городков, граждан - участников подпрограммы, имеющих право на дополнительную общую площадь жилого помещения за счет средств федерального бюджета, а также для каждой категории граждан - участников подпрограммы, определяются Правительством Российской Федерации.