Я посчитала командировочные как за двое суток, а налоговая утверждает, что сутки только одни.

Исходя из текста п. 7 нижеуказанного акта, правы Вы. Дополнительно следует учитывать также норму п. 8.

Инструкция Минфина СССР, Госкомтруда СССР и ВЦСПС

от 7 апреля 1988 г. N 62

"О служебных командировках в пределах СССР"

(Издана на основании постановления СМ СССР

от 18 марта 1988 г. N 351)

" 7. Днем выезда в командировку считается день отправления поезда, самолета, автобуса или другого транспортного средства из места постоянной работы командированного, а днем приезда - день прибытия указанного транспортного средства в место постоянной работы. При отправлении транспортного средства до 24 часов включительно днем отъезда в командировку считаются текущие сутки, а с 0 часов и позднее - последующие сутки. Если станция, пристань, аэропорт находятся за чертой населенного пункта, учитывается время, необходимое для проезда до станции, пристани, аэропорта. Аналогично определяется день приезда работника в место постоянной работы.

8. Вопрос о явке на работу в день отъезда в командировку и в день прибытия из командировки решается по договоренности с администрацией".