Возможно ли на комиссии по трудовым спорам аннулировать увольнение работника на основании присутствия на рабочем месте?

На комиссии, конечно, нет - такие дела рассматривает суд.

ТК РФ.

"Статья 391. Рассмотрение индивидуальных трудовых споров в судах

В судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям работника, работодателя или профессионального союза, защищающего интересы работника, когда они не согласны с решением комиссии по трудовым спорам либо когда работник обращается в суд, минуя комиссию по трудовым спорам, а также по заявлению прокурора, если решение комиссии по трудовым спорам не соответствует трудовому законодательству и иным актам, содержащим нормы трудового права.

Непосредственно в судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям:

работника - о восстановлении на работе независимо от оснований прекращения трудового договора, об изменении даты и формулировки причины увольнения, о переводе на другую работу, об оплате за время вынужденного прогула либо о выплате разницы в заработной плате за время выполнения нижеоплачиваемой работы, о неправомерных действиях (бездействии) работодателя при обработке и защите персональных данных работника".

А доказать - вполне возможно, если имеются иные, не указанные в вопросе, доказательства присутствия на рабочем месте в указанное время, например показания свидетелей, или исполнения указания иного начальника по выполнению работ в другом месте, не являющимся постоянным рабочим местом работника, ну и т.д.