Вопросы о стоимости и налогообложении при продаже недвижимости между ООО, где учредитель - одно и то же лицо

Из вопроса не ясно на какой системе налогообложения находится второе ООО, поэтому предполагаю, что второе ООО на ОСНО.

Для целей налогообложения оба ООО будут рассматриваться как взаимозависимые лица. Согласно пп. 4 п. 2 ст. 105.14 НК РФ сделка между взаимозависимыми лицами признается контролируемой, если хотя бы одна из сторон сделки освобождена от обязанностей уплаты налога на прибыль организаций, при этом другая сторона сделки не освобождена от этих обязанностей. А на основании п. 2 ст. 346.11 НК РФ применение УСН предусматривает освобождение организации от налога на прибыль.

При этом сделка признается контролируемой, только если сумма доходов по сделкам между взаимозависимыми лицами за календарный год превышает 60 млн руб. (п. 3 ст. 105.14 НК РФ). Также следует учитывать, что налоговый орган вправе в рамках контроля цен проверять полноту исчисления и уплаты только налога на прибыль, НДС, НДФЛ и налога на добычу полезных ископаемых (п. 4 ст. 105.3 НК РФ).

Следовательно, Ваша сделка может стать контролируемой в силу ст. 105.14 НК РФ, но проверять полноту исчисления и уплаты единого налога при применении УСН налоговая при этом не вправе.

Если Ваша сделка подпадает под контролируемую, то налоговая для правильности исчисления налогов обратит внимание на Вашу сделку только в случае, если ее условия сильно расходятся с условиями сделок между независимыми лицами (например, сильное занижение цены). Поэтому рекомендуется цены в таких сделках приближать к максимально рыночным. Независимая оценка при этом необязательна. Сама налоговая при этом руководствуется п.1 ст. 105.7 НК (в частности, метод сопоставления рыночных цен).