Заказчик выполнил свои обязательства и все уплатил.

Вера! А каким образом был подписан акт приемки до окончания выполнения работ?????

В соответствии с ГК РФ:

Статья 720. Приемка заказчиком работы, выполненной подрядчиком

1. Заказчик обязан в сроки и в порядке, которые предусмотрены договором подряда, с участием подрядчика осмотреть и принять выполненную работу (ее результат), а при обнаружении отступлений от договора, ухудшающих результат работы, или иных недостатков в работе немедленно заявить об этом подрядчику.

2. Заказчик, обнаруживший недостатки в работе при ее приемке, вправе ссылаться на них в случаях, если в акте либо в ином документе, удостоверяющем приемку, были оговорены эти недостатки либо возможность последующего предъявления требования об их устранении.....

3. Если иное не предусмотрено договором подряда, заказчик, принявший работу без проверки, лишается права ссылаться на недостатки работы, которые могли быть установлены при обычном способе ее приемки (явные недостатки).

Можно попробовать (при наличии оснований) признать ничтожность договора в силу статьи 168 ГК РФ.

В соответствии со статьей 167 ГК РФ при признании сделки недействительной каждая из сторон обязана возвратить другой все полученное по сделке, а в случае невозможности возвратить полученное в натуре возместить его стоимость.

Неустойку, полагаю, взыскать не удастся, так как юридически объект сдан и акт подписан (большое спасибо подписавшему акт!). Удачи!