Как поступить: уволить за прогулы, или просто уволить?

Главный бухгалтер перестал выходить на работу. 3 июня почтой направил заявление (поступило в организацию 10 июня) об увольнении с 31.05.2015 и требование о направлении трудовой книжки почтой. Т.е имеется 2 дня прогула. Затребовав письменные объяснения (08.06.2015) по факту прогула, организация получает 20 июня письмо от гл.бухгалтера о том, что он якобы подавал заявление от 25.05.2015 о приостановлении своей деятельности в связи с невыплатой зарплаты. Как поступить: уволить за прогулы, или просто уволить? При всем этом обязанности гл.бухгалтера выполнялись с нарушением: отсутствуют кассовые документы, квартальные отчеты сданы с нарушениями и т.д. Что делать с трудовой книжкой? Зарплата выплачивалась, но гл.бух. ведомости потерял и перевел себе как бы депонированные ранее деньги.