Как использовать материнский сертификат при строительстве нового дома?

Да, можете так сделать.

Постановление Правительства РФ № 862:

10. В случае направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на оплату строительства объекта индивидуального жилищного строительства, выполняемого с привлечением строительной организации, лицо, получившее сертификат, одновременно с документами, указанными в пункте 6 настоящих Правил, представляет:

а) копию разрешения на строительство, оформленного на лицо, получившее сертификат, или супруга лица, получившего сертификат;

б) копию договора строительного подряда;

в) засвидетельствованное в установленном законодательством Российской Федерации порядке письменное обязательство лица (лиц), на которое оформлено разрешение на строительство, в течение 6 месяцев после ввода в эксплуатацию объекта индивидуального жилищного строительства оформить жилое помещение, построенное с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, в общую собственность лица, получившего сертификат, его супруга, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению;

Информация об изменениях:

Постановлением Правительства РФ от 22 октября 2014 г. N 1090 в подпункт "г" внесены изменения, вступающие в силу с 1 марта 2015 г.

См. текст подпункта в предыдущей редакции

г) копию документа, подтверждающего право собственности лица, получившего сертификат, или супруга лица, получившего сертификат, на земельный участок, на котором осуществляется строительство объекта индивидуального жилищного строительства, или право постоянного (бессрочного) пользования таким земельным участком, или право пожизненного наследуемого владения таким земельным участком, или право аренды такого земельного участка, или право безвозмездного пользования земельным участком, который предназначен для жилищного строительства и на котором осуществляется строительство объекта индивидуального жилищного строительства.