Вопрос 1.почему налоговая дает штраф не по НК, а по КоАП ведь нарушила то я НК 2.Какие статьи я могу применить в свою защиту?

Применени налоговым органом одновременно мер по привлечению к налогово й и административной ответственности правомерно. КоАп предусматривает административную ответственность за нарушение сроков предоставления налоговой декларации. Но привлечение к ответственности за одно и тоже правонарушение по разным статьям КоАп запрещает. Так же кодекс предусматривает привлечение по каждому правонарушению. Однако ст. 4.4. КоАП говорит о том, что при совершении лицом одного действия (бездействия), содержащего составы административных правонарушений, ответственность за которые предусмотрена двумя и более статьями кодекса и рассмотрение дел о которых подведомственно одному и тому же должностному лицу, административное наказание назначается в пределах санкции, предусматривающей назначение лицу, совершившему указанное действие , более строгого административного наказания. Т.е. если протоколы составлены в один день и постановления в один день могут быть вынесены только по одной статье.

Остается открытым вопрос о том, почему Вас обязали сдавать нулевые декларации по каждому виду налога, если с 2008 г. предусмотрена единая упрощенная форма для нулевых деклараций. Это раньше при отсутствии деятельности по ЕНВД налогоплательщик автоматически переводился на общую систему налогообложения и обязан был сдавать нулевые декларации по кадому налогу, но с 2008 г. при отсутствии деятельности сдается одна упрощенная декларация. В соответствии со ст. 80 НУ РФ не подлежат представлению в налоговые органы налоговые декларации (расчеты) по тем налогам, по которым налогоплательщики освобождены от обязанности по их уплате в связи с применением специальных налоговых режимов, т.е. ваше ООО не является плательщком НДС и всех остальных налогов ( по ОКВЭД), соответственно, сдавать эти отчеты не должны. (И откуда у вас их насчитали 12?) Единая (упрощенная) налоговая декларация представляется в налоговый орган по месту нахождения организации или месту жительства физического лица не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшими кварталом, полугодием, 9 месяцами, календарным годом. Т.е. упрощенная декларация у Вас сдана в срок, значит все последующие действия н/о незаконны.