Военкомат отказывается применять льготы мне и моей семье по окончании контракта, какое законодательство мне следует ссылаться?

Уважаемый Дмитрий! Действительно, общая продолжительность военной службы производится в календарном исчислении. И лишь в случаях, установленных федеральными законами и иными нормативными правовыми актами РФ, общая продолжительность военной службы определяется в льготном исчислении. Для примера приведу Вам выдержку из Постановления Правительства РФ от 20 апреля 2000 г. N 354 "О порядке возмещения расходов, связанных с перевозкой военнослужащих, граждан, уволенных с военной службы, и членов их семей, а также их личного имущества" (с изменениями и дополнениями)":

1. Установить, что Министерство обороны Российской Федерации и иные федеральные органы исполнительной власти, в которых предусмотрена военная служба, при реализации социальных гарантий, установленных Федеральным законом "О статусе военнослужащих" и Указом Президента Российской Федерации от 26 июня 2008 г. N 996 "О дополнительных социальных гарантиях родителям военнослужащих", возмещают расходы, связанные с проездом железнодорожным, воздушным, водным и автомобильным (за исключением такси) транспортом:

...

офицеров, уволенных с военной службы по достижении предельного возраста пребывания на военной службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность военной службы которых в льготном исчислении составляет 20 лет и более, а при общей продолжительности военной службы 25 лет и более независимо от основания увольнения, - на стационарное лечение в соответствии с заключением военно-врачебной комиссии или в санаторно-курортные и оздоровительные учреждения и обратно (один раз в год), а также членов их семей при следовании в санаторно-курортные и оздоровительные учреждения и обратно (один раз в год).

Дмитрий, обратите внимание, что там, где идет речь о 20-ти годах, говорится об общей продолжительности в льготном исчислении, а там где 25 лет - общая продолжительность, т.е. имеется ввиду календарных лет. С текстом этого документа Вы можете ознакомиться в интернет-версии справочно-правовой системы "Гарант". Вот именно о таких случаях, установленных другими нормативно-правовыми актами и идет речь в п.7 ст.3 Указа Президента РФ от 16 сентября 1999 г. N 1237 "Вопросы прохождения военной службы".

С уважением, Евгения