Как правильно оформить права на наследство квартиры в нашей ситуации?

Прошу пояснить как правильно поступить в нашей ситуации. Мои дед и бабушка прожили в единственном зарегистрированном браке, в котором они имели единственного ребенка моего отца. Дед и бабушка владели в равных долях квартирой (приватизация), дед также единолично владел земельным участком с домом и машиной. 5 лет назад после смерти бабушки дед продолжил проживать в квартире, они с отцом обратились к нотариусу и получили свидетельства о праве на наследство (квартира) в результате которой 3\4 доли квартиры принадлежали деду и 1\4 отцу. Однако они не оформили прав до конца, не обращались в ФРС и не получали свидетельств о праве собственности. Есть только свидетельство старого образца о праве собственности в ходе приватизации. В августе умер дед, нотариально заверенного завещания нет. есть рукописное завещание написанное и подписанное дедом, в котором он все имущество завещает отцу. После его похорон, отец обратился к нотариусу для открытия наследства. Нотариус заявляет, что на все имущество, кроме квартиры она оформит наследство. А квартиру по заявлению нотариуса можно оформить только в судебном порядке. Действительно ли это так? Какими должны быть наши действия по оформлению прав на квартиру?