Как ИП у которого есть физ лица-работники платить не с дохода, а с дохода минус расходы т.е. с прибыли в Пенсионный фонд взносы.

Такого не предусмотрено- это только для налога по УСН.

На работников платите взносы , исходя из их з/п.

На вас- исходя из вашей прибыли вы и обязаны платить.