Конфликт с работодателем - отпуск с льготным проездом не до конца оплачен

Тут ничего не сделать, т.к. порядок возмещения расходов действительно устанавливается локальными актами организации (ст. 8, 325 ТК РФ)

Вы обязаны подчиняться положениям у своего работодателя, который их принял согласно ст. 8 ТК РФ:

"Работодатели, за исключением работодателей - физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями, принимают локальные нормативные акты, содержащие нормы трудового права (далее - локальные нормативные акты), в пределах своей компетенции в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права, коллективными договорами, соглашениями."

Суд Вам не поможет.

Если вы работаете в организациях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, а так же во внебюджетном фонде (вы не указали, в какой внебюджетной организации вы работаете) то имеете право на оплату проезда по наименьшей стоимости проезда кратчайшим путем. Возьмите справку в транспортной организации и обращайтесь в суд с иском

статья 325. Компенсация расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно

[Трудовой кодекс РФ] [Глава 50] [Статья 325]

Лица, работающие в организациях, расположенных в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, имеют право на оплату один раз в два года за счет средств работодателя стоимости проезда и провоза багажа в пределах территории Российской Федерации к месту использования отпуска и обратно. Право на компенсацию указанных расходов возникает у работника одновременно с правом на получение ежегодного оплачиваемого отпуска за первый год работы в данной организации.

Федеральные государственные органы, государственные внебюджетные фонды Российской Федерации, федеральные государственные учреждения оплачивают работнику стоимость проезда в пределах территории Российской Федерации к месту использования отпуска и обратно любым видом транспорта (за исключением такси), в том числе личным, стоимость провоза багажа весом до 30 килограммов, а также стоимость проезда и провоза багажа к месту использования отпуска работника и обратно неработающим членам его семьи (мужу, жене, несовершеннолетним детям, фактически проживающим с работником) независимо от времени использования отпуска.

Оплата стоимости проезда работника и членов его семьи личным транспортом к месту использования отпуска и обратно производится по наименьшей стоимости проезда кратчайшим путем.

Оплата стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска работника федерального государственного органа, государственного внебюджетного фонда Российской Федерации или федерального государственного учреждения и членов его семьи и обратно производится по заявлению работника не позднее чем за три рабочих дня до отъезда в отпуск исходя из примерной стоимости проезда. Окончательный расчет производится по возвращении из отпуска на основании предоставленных билетов или других документов.

Порядок компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно для лиц, работающих в федеральных государственных органах, государственных внебюджетных фондах Российской Федерации, федеральных государственных учреждениях, и членов их семей устанавливается нормативными правовыми актами Правительства Российской Федерации.

Елена , если Вы работаете во внебюджетной организации , то оплата проезда в льготный отпуск и другие компенсационные выплаты регулируются скорее всего коллективным договором , принятом на Вашем предприятии , или как вы указали положением и заставить работодателя внебюджетного предприятия оплачивать так как это предусмотрено на бюджетном предприятии никто не сможет , поэтому и обжаловать в данном случае нечего ст. 8, 325 ТК РФ