Купили квартиру в ипотеку в деревянном многоквартирном доме, через год его признали аварийным. Что вообще делать в этом случае?

Сообщить об этом банку (залогодержателю). Полагаю, что Вы должны быть освобождены от обязанности страховать предмет залога, но остальные кредитные обязательства остаются в силе.