И по какой стоимости можно затребовать разницу - по стоимости БТИ или по коммерческой?

Согласно п. 12 Постановления Пленума Верховного Суда РФ от 24.08.93 N 8 «О некоторых вопросах применения судами Закона Российской Федерации "О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации" «Выдел участнику общей собственности на приватизированное жилое помещение, представляющее собой отдельную квартиру, принадлежащей ему доли допустим, если имеется техническая возможность передачи истцу изолированной части не только жилых, но и подсобных помещений (кухни, коридора, санузла и др.), оборудования отдельного входа. При отсутствии такой возможности суд вправе по просьбе истца определить порядок пользования квартирой».

Аналогичное толкование закона дано в п.п. 6 - 8 Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 10.06.80 N 4 «О некоторых вопросах, возникших в практике рассмотрения судами споров о выделе доли сособственнику и определении порядка пользования домом, принадлежащим гражданам на праве общей собственности» при установлении порядка пользования домом (ст. 247 ГК РФ), каждому из сособственников передается в пользование конкретная часть строения, исходя из его доли в праве общей собственности на дом. При этом право общей собственности на дом не прекращается. Выделенное помещение может быть неизолированным и не всегда точно соответствовать принадлежащим сособственникам долям Если в пользование сособственника передается помещение большее по размеру, чем причитается на его долю, то по требованию остальных сособственников с него может быть взыскана плата за пользование частью помещения, превышающей долю.

Т.е. при определении порядка пользования квартирой Ваша доля в праве собственности на квартиру не изменяется и Вы можете потребовать только плату за пользование принадлежащим Вам 1 кв.м., размер платы определяется по соглашению сторон, а при не достижения соглашения - по решению суда. Минимальный размер оплаты 1 кв.м. может быть определен по счетам Жилкомсервиса (ЖЭС).