Я являюсь гр России.у меня супруга гр Азербайджана.она приехал в москву в 2013 году.зарегистрировали брак,у нас

Добрый день! Я являюсь гр России.у меня супруга гр Азербайджана.она приехал в москву в 2013 году.зарегистрировали брак,у нас с тех пор родились двое детей.дети являются гр РФ.в первый год сделал патент для того чтобы не выезжать каждые три месяца и тд.прошёл год патент закончилился мы не стали ничего делать и она проходила так год пока в марте 2015 не родился второй ребенок.после я решил подавать документы на рвп и в последующем на гражданство.проверил ограничений нет на въезд в Россию решили поехать пересечь границу.поехали в украину пересекли получили свежую иммеграционку поехал в фмс узнал где встать на учёт сказали можете в мфц.поехали сделали регистрацию на три месяца,собрали все документы и при подаче в окошко нам сказали вы должны обязательно выехать на 90 дней затем въехать и собирать документы заново.я сказал что у нас двое маленьких детей я их отпускать не собираюсь в азербайджан а один за ними смотреть не смогу если отправлю жену одну на 90 дней.зашел к начальнику он мне сказал тоже самое про 90 дней.Скажите пожалуйста как лучше сделать.можно ли сослаться на римскую конвенцию о неразлуке семьи и тд.куда подать жалобу?куда обратиться?фмс находится по адресу город балашиха ул терешковой 21.сказали что в москве не обращают на такое внимание,но я прописан в балашихе.